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- | genre = [[分子動力学]] …'''Assisted Model Building with Energy Refinement'''}}）は、[[生体分子]]の[[分子動力学法|分子動力学]]計算のための[[力場 (化学)|力場]]群である。最初は[[カリフォルニア大学サンフランシスコ校]]の[[ピーター・コールマン]]のグループによって …10キロバイト (492 語) - 2024年11月2日 (土) 02:40
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- …{{lang-en-short|Verlet list}}）は、任意のカットオフ（打ち切り）相互距離内の全ての粒子のリストを効率的に維持するための[[分子動力学]]シミュレーションにおけるデータ構造である<ref name="Verlet1967">{{cite journal |author=Verlet, [[Category:分子動力学]] …3キロバイト (126 語) - 2019年10月13日 (日) 20:39
- …684–3690 | doi=10.1063/1.448118 |bibcode = 1984JChPh..81.3684B }}</ref>は、[[分子動力学]]シミュレーションにおいてシミュレーション温度を制御するために粒子の速度の縮尺を変更するための[[アルゴリズム]]である。 [[Category:分子動力学]] …3キロバイト (195 語) - 2019年9月6日 (金) 05:55
- OPLS力場の関数形式は、[[AMBER (分子動力学)|AMBER]]のものと非常に似ている。 [[Category:分子動力学]] …3キロバイト (255 語) - 2021年2月18日 (木) 09:54
- …・サーモスタット'''（のせ＝フーバー・サーモスタット、{{lang-en-short|Nosé–Hoover thermostat}}）は、等温[[分子動力学]]シミュレーションのための[[決定的アルゴリズム]]である。初めに[[能勢修一]]によって開発され{{Sfn|Nosé|1984}}、{{仮リンク|ウ 古典的[[分子動力学]]において、シミュレーションはもっとも単純には[[ミクロカノニカルアンサンブル|小正準集団]]（[[物質量|粒子の数]]、[[容積]]、[[エネルギー …5キロバイト (245 語) - 2022年9月15日 (木) 14:44
- …じゆうエネルギーせつどう、{{lang-en-short|free energy perturbation}}、略称: '''FEP'''）法は、[[分子動力学]]あるいは[[メトロポリス・ヘイスティングス法|メトロポリス・モンテカルロ]]シミュレーションから[[自由エネルギー]]を計算するために[[計算化学] *[[AMBER (分子動力学)|AMBER]] …5キロバイト (193 語) - 2021年8月25日 (水) 10:53
- | genre = [[分子動力学]] …'''Assisted Model Building with Energy Refinement'''}}）は、[[生体分子]]の[[分子動力学法|分子動力学]]計算のための[[力場 (化学)|力場]]群である。最初は[[カリフォルニア大学サンフランシスコ校]]の[[ピーター・コールマン]]のグループによって …10キロバイト (492 語) - 2024年11月2日 (土) 02:40
- [[Category:分子動力学]] …3キロバイト (134 語) - 2023年12月19日 (火) 07:10
- …低い。溶媒あるいは空気分子のぶつかり合いは摩擦を引き起こし、時折起こる高速衝突は系をかき乱す。ランジュバン動力学はこれらの効果を考慮に入れるような[[分子動力学]]の拡張を試みる。また、ランジュバン動力学はサーモスタットを用いた時のように温度を制御できるため、[[カノニカル分布|正準集団]]（カノニカルアンサン …4キロバイト (142 語) - 2021年6月20日 (日) 05:45
- [[Category:分子動力学]] …9キロバイト (574 語) - 2018年3月16日 (金) 21:15
- …いては原子あるいは分子の微視的運動状態は、巨視的な反応速度解析に頼ることなく、[[量子化学]]などの理論に基づき[[計算化学]]的な手法で評価する[[分子動力学]]によって解明できるようになっている。それゆえ、今日の反応速度論は、学術的真理の探求のための手法というよりも実際の化学反応を制御するための基礎理論とし …ができる。遷移状態理論の成り立ちにおいては古典的な熱力学により定式化されたが、遷移状態理論で用いられたモデルを[[量子化学]]的に拡張することで、[[分子動力学]]へと展開した。 …14キロバイト (401 語) - 2025年2月26日 (水) 15:57
- …ルの）斥力部として[[底に関する指数函数|指数関数]]を選ぶことにはある程度の正当性がある 」とされる。バッキンガム・ポテンシャルは[[分子動力学法|分子動力学]]シミュレーションで広範に用いられてきた。 …4キロバイト (225 語) - 2021年7月19日 (月) 19:33
- PMFは特定の[[反応座標]]パラメータの関数として系のエネルギーがどのように変化するかを調べるような[[モンテカルロ]]シミュレーションや[[分子動力学]]シミュレーションにおいて得られる。例えば、[[残基]]間距離の関数として見た場合や[[脂質二重膜]]を介して[[タンパク質]]が引き抜かれる場合のエ …4キロバイト (264 語) - 2018年3月1日 (木) 01:57
- [[Category:分子動力学]] …12キロバイト (399 語) - 2024年9月29日 (日) 22:08
- [[Category:分子動力学]] …10キロバイト (536 語) - 2023年4月29日 (土) 08:14
- [[Category:分子動力学]] …5キロバイト (330 語) - 2024年7月19日 (金) 08:16
- …ー<math>U_A</math>および<math>U_B</math>を持つ状態AおよびBを考える。いずれの系におけるポテンシャルエネルギーも、[[分子動力学]]法あるいは適切なボルツマン重みを持つ[[モンテカルロ法|モンテカルロ]]シミュレーションからサンプリングされた配置のアンサンブル平均として計算できる …6キロバイト (323 語) - 2024年7月4日 (木) 00:28
- …て転送作用素は、滑らかな函数の時間発展に研究の興味がある[[量子カオス]]や[[統計力学]]のような[[物理学]]の分野でよく用いられる。一方で、[[分子動力学]]の分野を通じた[[医薬品設計|合理的な薬剤設計]]への医学的な応用のためにも、この作用素は用いられる。 …5キロバイト (211 語) - 2023年7月7日 (金) 10:00
- * [[分子動力学法|分子動力学]]シミュレーションの一般的なタイムステップは、1 fsのオーダーにおいて行われる<ref name=LAMMPS>{{cite web |p …6キロバイト (526 語) - 2023年10月9日 (月) 05:51
- [[Category:分子動力学]] …6キロバイト (345 語) - 2024年8月2日 (金) 05:08
- [[Category:分子動力学]] …7キロバイト (329 語) - 2024年2月13日 (火) 07:20